การบริหารจัดการน้ำเมื่อมีอาคารที่ตั้งอยู่ในลำน้ำจะมีการบริหารจัดการระดับน้ำให้เหมาะสมตามฤดูกาลโดยฤดูแล้งจะทดน้ำเพื่อรักษาระดับน้ำสำหรับระบบสูบน้ำและชลประทานให้อยู่ต่ำกว่าตลิ่งประมาณ 2.00 เมตร ส่วนก่อนเข้าสู่ฤดูน้ำหลากจะดำเนินการลดระดับน้ำในลำน้ำประมาณ 1.50–2.00 เมตร เพื่อเพิ่มพื้นที่รองรับน้ำและลดผลกระทบจากปริมาณน้ำที่เพิ่มสูงขึ้น รวมทั้งช่วยให้การระบายน้ำจากลำน้ำสาขาสามารถดำเนินการได้อย่างมีประสิทธิภาพ เมื่อปริมาณน้ำเริ่มเพิ่มสูงขึ้นจะมีการติดตามสถานการณ์น้ำอย่างต่อเนื่องและประเมินแนวโน้มระดับน้ำ  หากระดับน้ำมีแนวโน้มสูงขึ้นจนถึงระดับที่กำหนดจะดำเนินการ ยกบานประตูระบายน้ำขึ้นทั้งหมดเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำ ลดผลกระทบจากการหนุนของระดับน้ำบริเวณด้านเหนือน้ำ และป้องกันไม่ให้เกิดข้อจำกัดในการระบายน้ำจากลำน้ำสาขาที่เชื่อมต่อกับลำน้ำสายหลัก